Der Name des Geschlechts deutet auf Herkunft aus Thüringen hin. Vielleicht stammt es aus dem Dorf Günterode bei Heiligenstadt im Eichsfeld. Urkundlich gesichert sind erst die Brüder Hans (gest. 1501), kursächsischer Landrentmeister, und Tilemann Günterrode (gest. um 1512). In Sachsen erwarb die Familie umfangreichen Grundbesitz, starb aber auch hier wie in der Pfalz und Schleswig um 1800 aus. Tilemann Günterrode (gest. 1550) kam in hessische Dienste nach Kassel und wurde zum Stammvater der Linie in Hessen bzw. Frankfurt. 1549 erhielt er Dorf und Wüstung Nübel bei Schotten als hessisches Lehen, die Söhne kauften Burg und Hofgut Schotten dazu und zählten seitdem zum hessischen Adel. Tilemanns Sohn Rudolf wurde Frankfurter Bürger und gelangte 1588 ins Haus Limpurg. Durch drei Jahrhunderte hat das Geschlecht in seiner neuen Heimat viele Ratsherren und Bürgermeister, Offiziere, Diplomaten und Gelehrte hervorgebracht. Fichard berichtet von der "dieser Familie fast angeborenen Freundlichkeit und Sittsamkeit", die sie "bei Hohen und Niedern" beliebt gemacht habe. Johann Maximilian v. Günderrode (gest. 1784) wurde Mitglied der Reichsritterschaft, Kanton am Mittelrhein (die Familie führte infolgedessen nach 1800 den Freiherrntitel), und erwarb 1756 die Herrschaft Höchst an der Nidder. 1806 kam sie unter die Landeshoheit des Großherzogtums Hessen.